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　　安捷倫氣質聯用儀GCMS的優點：

　　對一些特殊的化合物進行檢測,氣相色譜儀的選擇性檢測器有其特別的功能。不受復雜基質的干擾，但難以用同一檢測器同時檢測多類不同的化合物，而不受基質的干擾。而采用色質聯用中的提取離子色譜、選擇離子檢測等技術可降低化學噪聲的影響，分離出總離子圖上尚未分離的色譜峰。在色質聯用技術中，高分辨質譜的聯用儀檢測準確質量數、串聯質譜(時間串聯或空間串聯)的選擇反應檢測或選擇離子子離子檢測等均能在一定程度上降低化學噪音，提高信噪比。

　　1 GC作為進樣系統，將待測樣品分離后直接導入質譜進行檢測，即滿足了質譜分析對樣品單一性的要求，又省去樣品制備、轉移的繁瑣過程，不僅避免了樣品受污染，對質譜進樣量還能有效控制，也減少了質譜儀的污染，極大地提高了對混合物分離、定性定量效率。

　　2 定性能力高。用色譜保留時間結合化合物的指紋質譜圖鑒定組分，大大優于僅靠色譜保留時間。質譜作為檢測器，檢測的是離子質量，獲得化合物質譜圖，解決了氣相色譜儀定性的局限性，由于不同化合物的質譜圖不一樣，因此質譜即是一種通用型檢測器，又是有選擇性的檢測器，可以說GC-MS全掃描方式是通用的、靈敏度*的色譜檢測，而選擇離子和二級質譜掃描方式是可變的，更具選擇性的，高靈敏度的色譜柱選擇性檢測，所以應用時優于其他色譜檢測器，常常被作為終確證方法。

　　3 可分離尚未分離的色譜峰。用提取離子、選擇離子監測或選擇反應監測法，以及結合某些數據處理方法，可分離總離子流色譜圖上尚未分離或被化學噪聲所掩蓋的色譜峰。

　　4 可提高定量分析精度。通過同位素稀釋和內標技術可提高定量精度和定性能力。

　　安捷倫氣質聯用儀GCMS的缺點：

　　GC-MS氣質聯用儀的不足在于：分析對象限于在300℃左右及以下可以汽化、并且能離子化的樣品;在加熱過程中易分解的、極性太強的化合物，如有機酸類等，則需要進行酯化衍生處理才可進行GC-MS分析，如果樣品不能汽化也不能酯化則需采取LC-MS或其他方法分析;GC-MS分析樣品應是有機溶液，或采用熱裂解、頂空進樣技術。另外，目前質譜還有個一個很重要的不足是對很多異構體(尤其是位置異構)無法分辨。